Kulturelle Auslöschung
Die Absicht der Nazis war es, die unermesslich vielfältigen Beiträge, die Juden und Jüdinnen über Jahrhunderte in der deutschsprachigen Kultur und Kunst hinterlassen hatten, auszutilgen – und nach Möglichkeit das gesamte Judentum über diesen Raum hinausgehend auszulöschen. Eine der einschneidendsten Akte dieser Auslöschung war die Zerstörung der Synagogen in der Reichspogromnacht des 8. und 9. November 1938. Alle Synagogen Wiens wurden verwüstet, alle freistehenden wurden in Brand gesetzt, so auch der Turnertempel. Das Grundstück wurde gleich nach der Zerstörung des Tempels von einem benachbarten Transportunternehmer, welcher der lokalen NSDAP nahe stand, "auf dem Weg der Arisierung" erworben und an seiner Stelle eine Garage errichtet. Diese bestand bis in die 1970er Jahre, und erst ab den 1980er Jahren erinnerte eine versteckte Gedenktafel an die zerstörte Synagoge. Die Storchenschul konnte, weil mit den Nachbarhäusern in engem Bauverbund stehend, nicht abgebrannt werden und wurde nur in ihrem Inneren zerstört. Daher befinden sich bauliche Reste der Synagoge bis zum heutigen Tag in der Storchengasse 21.

Flucht und Ermordung
Bei den meisten Jüdinnen und Juden, die über die für die Ausreise erforderlichen Mittel und über die notwendige geistig-körperliche Energie verfügten, richteten sich bald nach dem Anschluss alle Anstrengungen auf die Organisation der Flucht. Bis Kriegsbeginn im September 1939 war das größte Fluchthindernis nicht die Aus-, sondern die Einreise in ein anderes Land, das heißt, dessen Aufnahmebereitschaft. Die Flucht wurde von den NS-Behörden zwar grundsätzlich gefördert, allerdings brachten die Mechanismen der möglichst vollständigen Beraubung, die der Ausreise vorangingen, auch große bürokratische Hürden mit sich. Die gesamte Abwicklung der Flucht wurde der Israelitischen Kultusgemeinde Wien und anderen jüdischen Organisationen überlassen. Diese trieben finanzielle Unterstützung aus dem Ausland auf und organisierten sogar Umschulungslager, um den Fliehenden in den Aufnahmeländern erwünschte Qualifikationen zu verschaffen. Selbst wenn die Flucht aus dem Deutschen Reich gelang, gerieten viele der Entflohenen nicht in die erhoffte Freiheit, sondern in eine weitere, oft Jahre währende Gefangenschaft, da deutschsprachige Juden und Jüdinnen von den Kriegsgegnern Deutschlands als potenzielle Feinde oder Spione behandelt wurden und illegale Palästina-Flüchtlinge von den englischen Mandatsherren vor der Küste abgefangen, deportiert und jahrelang in Lagern festgehalten wurden.

Von den rund 206.000 österreichischen Juden und Jüdinnen gelang etwa zwei Drittel die Flucht, mindestens 65.000 wurden ermordet. Dass der NS-Terror über Österreich bereits anderthalb Jahre vor Kriegsbeginn hereinbrach, war in dieser Hinsicht ein "Vorteil" für die jüdische Bevölkerung, weil so noch verhältnismäßig viel Zeit verblieb, bis die meisten Staatsgrenzen mit dem Kriegsbeginn im September 1939 unpassierbar wurden. Allerdings war es insbesondere für ärmere Juden und Jüdinnen angesichts der NS-Beraubungspolitik extrem schwierig, die Mittel für die Reise aufzubringen. Die schwächeren, älteren Bevölkerungsschichten blieben zu einem weit größeren Teil zurück und wurden ermordet. Viele wurden auf der Flucht in Nachbarländern, etwa der Tschechoslowakei, Ungarn oder Jugoslawien, vom NS-System eingeholt und gerieten dort in die Vernichtungsmaschinerie. Von denen, die in ein Ghetto, Konzentrations- oder Vernichtungslager deportiert wurden, überlebten nur wenige. Kurz nach dem Anschluss wurden vor allem Prominente und (potenzielle) Regimegegner in die KZ Dachau und Buchenwald deportiert, eine weitere Deportationswelle in diese KZ stand mit dem Novemberpogrom 1938 in Zusammenhang. Im Juli 1941 beschloss das Nazi- Regime die "Endlösung der Judenfrage", also die vollständige Vernichtung, und die Deportation in die Vernichtungslager begann. Geringe Überlebenschancen bestanden nur für die, die als "arbeitsfähig" von der unmittelbaren Ermordung ausgesondert wurden, oder in manchen Ghettos – für Österreicher vor allem im Ghetto Theresienstadt. Für die meisten war auch dieses nur ein Durchgangslager in die Vernichtung.