Der 1975 gegründete Europäische Rechnungshof (European Court of Auditors) mit Sitz in Luxemburg kontrolliert die Finanzgebarung der EU und berichtet über den Einsatz der Gelder. Dabei besuchen die Prüfer laufend Organe der EU sowie Behörden in den Mitgliedstaaten und in anderen Ländern, die von der EU Hilfe erhalten. Im Jahr 2010 fanden etwa 376 Prüfbesuche – 351 in Mitgliedstaaten und 25 an sonstigen Orten – statt.
Der Bericht über das Haushaltsjahr wird dem Europäischen Parlament und dem Rat vorgelegt. Das Parlament muss den Bericht prüfen. Es entscheidet auf Basis der vom Ministerrat ausgesprochenen Empfehlung über die Haushaltsentlastung der Kommission und sämtlicher anderer EU-Institutionen. Diese Entlastung erfolgt nicht global, sondern kann für einzelne Behörden verschoben oder verweigert werden.
Weitere Berichte ergehen an die Europäische Kommission und die nationalen Regierungen der EU-Mitgliedstaaten.
Der Rechnungshof kann selbst keine rechtlichen Schritte setzen. Falls der Verdacht auf strafbare Handlungen wie Betrug oder Unterschlagung auftaucht, erstattet der Rechnungshof dem Europäischen Amt für Betrugsbekämpfung (OLAF) Bericht.
Als fachlich qualifizierte Behörde gibt der Rechnungshof auch Stellungnahmen zu EU-Finanzvorschriften und zu Vorschlägen zur Betrugsbekämpfung ab.
Der Rechnungshof besteht aus einem Mitglied je EU-Mitgliedstaat, das vom Rat für sechs Jahre ernannt wird. Die Mitglieder wählen aus ihrer Mitte den Präsidenten des Rechnungshofes, dessen Amtszeit drei Jahre beträgt. Jedes Mitglied ist für spezifische Aufgaben, in erster Linie im Prüfungsbereich, zuständig.