Laut der am 18. April in Kraft tretenden EU-Verordnung müssen zwar gentechnisch veränderte Futtermittel gekennzeichnet werden, nicht jedoch Fleisch, Milchprodukte und Eier von Tieren, denen gentechnisch veränderte Futtermittel verfüttert wurden. Dieser Umstand wird des öfteren kritisiert, da sich viele Konsumenten bei "gentechnikfreien" tierischen Produkten auch eine gentechnikfreie Fütterung der Tiere erwarten.
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Eine neue, im März 2004 fertig gestellte Studie, die im Auftrag der Bundesministerien für Wirtschaft, Gesundheit und Landwirtschaft durchgeführt wurde, zeigt jedoch, dass gentechnisch veränderte Futtermittel bereits zum Alltag gehören: So stellte sich bei Analysen in konventionellen Futterwerken heraus, dass die angelieferte Soja - ein wesentlicher Bestandteil der meisten Futtermittel - zu 40 bis 100 Prozent gentechnisch verändert ist. Dieser hohe Wert sei den Bauern bisher eher nicht bewusst gewesen, glaubt Studienleiterin Gabriele Moder von der Prüf- und Zertifizierungsstelle agroVet.
Doch auch bei gutem Willen sei eine (bis zum Grenzwert von 0,9 Prozent) "gentechnikfreie" Produktion konventioneller Futtermittel oft nicht einfach, geht aus der Studie weiters hervor. In Werken, die sowohl gentechnisch veränderte als auch GVO-freie Futtermittel herstellen, gelang es nicht, den Grenzwert dauerhaft sicherzustellen: Trotz verbesserter Produktionsabläufe und vermeintlich gentechnikfreier Produktion wurde ein gentechnisch veränderter Sojaschrot-Anteil zwischen 0,2 und 3,8 Prozent gemessen. Als ein Hauptgrund wurde die "Verschleppung" gentechnischer Bestandteile in die gentechnikfreie Produktion angegeben. Außerdem war die als "gentechnikfrei" angelieferte Soja in einzelnen Proben schon vor Beginn der Futtermittelproduktion mit über 0,9 Prozent verunreinigt.
Viel leichter ist die Einhaltung der Grenzwerte bei Werken, die nur gentechnikfreie Soja einsetzen. Dies geschieht bereits in wenigen Produktionsbetrieben im Westen Österreichs, die Mischfuttermittel für die Rinderhaltung produzieren.
Einen einfachen Ausweg aus dem Einsatz von genmanipulierten Futtermitteln ("Kraftfutter") bei Rindern sieht hingegen Alfred Haiger, langjähriger Vorstand des Institutes für Nutztierwissenschaften an der Boku, in der Grünlandbewirtschaftung. Er verweist darauf, dass die Wiederkäuer im Gegensatz zu Schweinen und Hühnern rohfaserreiche Futterstoffe wie Gräser sehr gut verwerten können und dadurch auch unsere Kulturlandschaften erhalten. Auch sei die Milch aus Gras- gesünder als aus Getreidenahrung, da beispielsweise der Anteil ungesättigter Fettsäuren wesentlich höher ist. Haiger: "Und wenn sich Kühe mit dem Futter von den Wiesen und Almen satt fressen können, erbringen sie auch eine erstaunlich hohe Milchleistung."