Er galt als einer der Großen seines Fachs. Der deutsche Historiker Hans Mommsen erhob unüberhörbar seine Stimme, im Historikerstreit der 80er-Jahre, bei den umstrittenen Hartz-IV-Reformen und in der Diskussion um die Filbinger-Äußerungen von Günther Oettinger. Am Donnerstag ist er im Alter von 85 Jahren an seinem Geburtstag gestorben.

Seine Grundhaltung war sozial-liberal, seine Schwerpunkte waren die Geschichte der Sozialdemokratie und der Arbeiterbewegung, die Weimarer Republik, der Nationalsozialismus und der deutsche Widerstand. Das, was Hans Mommsen, vor nicht allzu langer Zeit in einem Zeitungsinterview sagte, ist aus heutiger Sicht brandaktuell: Die deutsche Einwanderungspolitik sei zu restriktiv, sagte er in einem Gespräch mit der Augsburger Allgemeine. "Was da spukt, ist mir suspekt." Aus wirtschaftlicher Sicht müsse man die Einwanderung "deutlich forcieren".
Als Literaturnobelpreisträger Günter Grass im Jahr 2006 heftig kritisiert wurde, nachdem er nach jahrelangem Schweigen seine Zugehörigkeit zur Waffen-SS gestanden hatte, nahm Mommsen ihn in Schutz. Er nannte die öffentliche Aufregung "unangebracht". Die Kritik an Grass sei vielfach "scheinheilig", denn tatsächlich müsse sie an die deutsche Öffentlichkeit selbst gerichtet werden.

In der Frankfurter Rundschau schrieb er damals: "Die mangelnde Bereitschaft der Nation, ihre eigene Verstrickung in die NS-Verbrechen einzugestehen und ihr Bestreben, sie auf die NS-Täter im engeren Sinne zu projizieren, ist ja erst die Erklärung dafür, dass vor allem von Angehörigen der späten Kriegsjahrgänge ihre Mitgliedschaft in der Waffen-SS, der NSDAP oder anderen Apparaten des Regimes verschwiegen wurde, um öffentlichen Diffamierungen auszuweichen."

Als der damalige baden-württembergische Ministerpräsident Günther Oettinger (CDU) 2007 seinen wegen Verstrickungen in den Nationalsozialismus zurückgetretenen Vorgänger Hans Filbinger weitgehend unreflektiert würdigte, warf Mommsen ihm "schon ein bisschen Feigheit" vor.

Gemeinsam mit seinem nur wenige Minuten jüngeren und 2004 gestorbenen Zwillingsbruder Wolfgang bezog Hans Mommsen auch im "Historikerstreit" der 80er-Jahre über die geschichtliche Einordnung des Nationalsozialismus klar Stellung gegen den Berliner Geschichtsprofessor Ernst Nolte. Nolte hatte in einem Artikel den Holocaust als mögliche Reaktion auf die Verbrechen der sowjetischen Kommunisten beschrieben. Daraufhin entbrannte unter deutschen Historikern ein auch im Ausland beachteter Streit um die Bedeutung und eine mögliche Verharmlosung der Nazi-Gräueltaten. Mitte der 90er-Jahre war Hans Mommsen einer der Wortführer der Kritiker an dem umstrittenen Buch des US-Politologen Daniel Goldhagen "Hitlers willige Vollstrecker".