Im Kreuzungsbereich der heutigen Währinger Straße mit der Boltzmanngasse wurde Anfang des 16. Jahrhunderts von einem Mitglied der Bäckerfamilie Lundler ein kleines Haus errichtet. Nach dem Aussterben der Familie erwarb es der Superintendent des Armenhauses zu St. Marx, Paul Hirsch von Hirschfeld, welcher es im Jahr 1649 testamentarisch dem Wiener Bürgerspital übereignete. Ein anderer Wohltäter schenkte dem Spital 1649 die benachbarten Weingärten in der Ried Siechenals, die nun mit dem Bäckenhäusel eine Wirtschaftseinheit bildeten. Es war übrigens in der frühen Neuzeit durchaus üblich, dass Spitäler gleichzeitig landwirtschaftliche Betriebe waren.

Wegen seiner Nähe zum Lazarett, welches wir in den vorangegangenen Memorabilien bereits ausführlich vorgestellt haben, wurde das Häuschen sogleich für sanitäre Zwecke genutzt, denn von 1650 bis 1657 diente es dem städtischen Infektionsarzt als Wohnung und Amtslokal.

Im Jahr 1656 entstand daneben ein weiteres Gebäude mit vier ebenerdigen Stuben, wo die aus dem gegenüberliegenden Pestlazarett entlassenen Rekonvaleszenten untergebracht werden sollten. Dem Neubau wurde - wie bei Spitälern üblich - ein Kirchlein hinzugefügt, welches das Patrozinium einer Pestpatronin, nämlich der Heiligen Rosalia, erhielt.

An der Schmalseite des neuen Gebäudes prangte eine Steintafel mit folgender Inschrift: "Dieses Gepäw ist aus Freygäbigkeit der Wiennerischen / Bürgerschaft für die jenigen Personen, so aus dem Lazaret gesundter Wandern aufferpauet worden / undter dem jetzigen Burgermaister und Statt / Rath, Herrn Johann Goerg Dietmayer (...). 1. August 1656."

Während die Wiener Historiographie früher postulierte, der Name des Gebäudes leite sich von dem neben dem Neubau bestehenden Häuschen her, welches ursprünglich von einem Wiener Bäcker für kranke Bäckerburschen gegründet wurde, gehen jüngere Forschungen davon aus, dass der Name auf die vor dem Haus befindliche Steinsäule, das so genannte "Bäckerkreuz", zurückgeht, welches der Zunftmeister der Bäcker, Paul Lundler, 1506 hatte errichten lassen.

Nachdem sich bei der verheerenden Pestepidemie von 1679 herausgestellt hatte, dass das Bäckenhäusel für die Aufnahme der Rekonvaleszenten aus dem Lazarett bei weitem nicht ausreichte, erfolgte 1708 eine Aufstockung, wodurch die bisherige Kapazität von 80 Betten verdoppelt wurde. Ebenso wie im Lazarett führten sämtliche Krankenstuben die Namen von Pestheiligen.

Eine besondere Rolle spielte das Bäckenhäusel bei der letzten Wiener Pestepidemie von 1713/14. Als zu dieser Zeit das Lazarett bereits aus allen Nähten zu platzen drohte, adaptierte man kurzerhand einen Teil des Bäckenhäusels als zusätzliches Pestlazarett und pferchte die Rekonvaleszenten auf dem Dachboden zusammen. Wie man sich denken kann, rissen mit der fortschreitenden Ausbreitung der Seuche auch im Bäckenhäusel alsbald chaotische Zustände ein. Wegen der akuten Raumnot erfolgte nun die Unterbringung vieler Rekonvaleszenter in Hütten und Verschlägen. Erst mit Einbruch des Winters konnte die Wiener Sanitätsbehörde Abhilfe schaffen, indem sie weitere Häuser für die Unterbringung von Pestkranken adaptierte, woraufhin das Bäckenhäusel wieder ausschließlich den Rekonvaleszenten vorbehalten war.

Zwischen den Epidemien und nach dem Erlöschen der Pest in Wien brachte man im Bäckenhäusel jeweils Patienten mit nichtinfektiösen Krankheiten unter. Zur Zeit Kaiserin Maria Theresias quartierte man in diesem Haus die Unheilbaren und mit so genannten "ekelhaften Krankheiten" Behafteten ein. Nachdem es lange Zeit als Unterkunft für Sieche verwendet worden war, entstand in Wien die Redewendung "Der gehört ins Bäckenhäusel".

1868 wurde die Anstalt aufgelassen und fand für Zwecke der Tabakregie Verwendung. 1907 erfolgte schließlich der Abriss des Bäckenhäusels sowie der in der Mitte des Vorhofes stehenden Rosalienkapelle.

An der Stelle des ehemaligen Rekonvaleszentenhauses befindet sich heute der Portaltrakt des Chemischen Instituts der Universität Wien.

Im Hof der Bäckerinnung, in der Florianigasse 13, kann man noch das ehemals vor dem Bäckenhäusel stehende Bäckerkreuz bewundern. Es ist dies der letzte bauliche Überrest einer Wiener Pestanstalt.