Den Missionaren, die sich bei den Auseinandersetzungen auf die Seite der Bari schlugen, warfen sie vielmehr Feigheit gegenüber den Einheimischen vor, denn "kein Schuß wurde abgefeuert, unter dem Vorgeben, es sei verboten, Menschenblut zu vergießen". Missionsstationen wurden von Händlern und Sklavenhändlern geplündert und die fürchterlichen Verluste durch Krankheiten machten klar, dass die Mission nicht mehr durch eigene Priester weitergeführt werden könne.

Sie wurde 1861 dem Franziskanerorden übergeben, dann dem apostolischen Vikariat von Ägypten formell als dessen Anhängsel übertragen, schließlich 1872 an das "Instituto African", das 1866 in Verona gegründet worden war und nach dem Fall des Mahdistenreiches 1898 seine Missionstätigkeit im Sudan wieder aufnehmen konnte. Diese führt bis heute die ehemalige österreichische "Katholische Mission für Zentralafrika", die mit ihren Stützpunkten für die Afrikaforschung im 19. Jahrhundert einst so außerordentlich wertvoll gewesen war.