Ein Finanzminister mit einer gewissen Zögerlichkeit, was die Wünsche der Militärs anbelangt, hatte früher beim Kaiser einen schlechten Stand gehabt. Nun, da der Thronfolger in militärischen Belangen maßgeblich war, konnte man es sich mit ihm damit verderben. Wie wenig daher auch der Thronfolger Zaleski gewogen war, zeigt eine Episode, die wiederum Spitzmüller erzählt:

Die Bodencreditanstalt unter der Leitung des oft unbedenklichen Rudolf Sieghart hatte ein Börsenmanöver mit Aktien der Steyrer Waffenfabrik unternommen, wobei zunächst Aktienbesitzer durch lancierte Gerüchte zum Kauf bewogen, dann aber Gratisaktien ausgegeben wurden. Der Kreditsektion des Finanzministeriums, das die Transaktion zu genehmigen hatte, war hier nichts aufgefallen. Anlässlich des Stapellaufes eines Kriegsschiffes herrschte der Thronfolger den Finanzminister vor den Ohren der Festgäste mit den Worten an: "Exzellenz, wie konnten Sie diese Schweinerei des Sieghart mit den Steyrer-Waffen genehmigen?"

Indes: Schon die Kosten für die relativ bescheidenen militärischen Operationen Österreichs im Balkankrieg mussten mit dem Riesenbetrag von 220 Millionen Kronen aus den Kassen des Finanzministers gedeckt werden, und die Aufbringung dieser Summe bereitete große Sorgen, da inmitten der Kriegsgefahr an eine Rentenanleihe nicht zu denken war. Zaleski gelang es schließlich, 125 Millionen Kronen durch die Begebung 41/2-prozentiger Dollarschatzscheine in Amerika bei der National City Bank und der Firma Kuhn, Loeb & Co. aufzutreiben. Etwa den gleichen Betrag machte er mit Eisenbahnobligationen in Deutschland flüssig. Es kamen insgesamt 240 Millionen zusammen, ein Betrag, mit dem er während des ganzen Krieges das Auslangen finden konnte.

Der Krieg endete zunächst am 30. Mai 1913 mit dem Vertrag von London. Die Türkei verlor nahezu ihre sämtlichen europäischen Besitzungen. Österreich-Ungarn setzte sich insoweit durch, als Scutari, welches die Montenegriner erobert hatten, dem neu gegründeten Albanien zugeschlagen wurde. Serbien blieb ohne Meerhafen.

Im Sommer 1913 erlitt Zaleski einen schweren Rückfall seiner Krankheit, die sich als ein gefährliches Nierenleiden erwies. Anfang Oktober erkannte er, dass er den Anforderungen seines Amtes körperlich nicht mehr standhalten konnte, und bat um seine Entlassung. Das Gesuch wurde vom Kaiser nicht genehmigt. Er erhielt vielmehr einen Urlaub auf unbestimmte Zeit, während dem ihn der Sektionschef August Engel zu vertreten hatte, und zog sich zur Erholung nach Meran zurück. Noch am letzten Tage seiner Amtswirksamkeit nahm er mit der größten Anspannung seiner Kräfte an einem gemeinsamen Ministerrat teil und brachte die Verhandlungen über das Arrangement der Südbahn bis zur Finalisierung und Unterschrift. Der Kaiser hat ihn am 30. Oktober in besonderer Würdigung seiner Verdienste in den Grafenstand erhoben.

Zaleski ist, erst 45-jährig, am 24. Dezember 1913 nachmittags um Viertel nach vier, in Meran, im Sanatorium Martinsbrunn, im Kreise seiner Familie bei vollem Bewußtsein verschieden. Die Beerdigung fand in großem Rahmen in Lemberg statt. Auf seinen Wunsch wurden am Grab keine Reden gehalten.