Erstmals wurden am 28. Dezember 1022 "Ketzer" verbrannt.
Ein halbes Jahrtausend lang war es üblich: Menschen wurden verbrannt, die seitens der Kirchenleitung als gefährlich eingeschätzt wurden. Eine solche Gewaltanwendung entsprach aber nicht der Haltung von Jesus. Als er bei der Durchreise durch Samaria auf Ablehnung stieß, weil er zum Tempel in Jerusalem wollte, fragten ihn zwei seiner Jünger: "Herr, sollen wir befehlen, dass Feuer vom Himmel fällt und sie vernichtet?" Diese beiden Jünger wurden "Donnersöhne" genannt. Jesus kritisierte sie scharf (Lukas 9,52 ff), denn reales Feuer auf Menschen war nicht die Methode von Jesus.
In den ersten drei Jahrhunderten des Christentums stießen die - auf Griechisch so genannten - "Christianoi" zeitweise auf politischen Widerstand: Es gab regionale (zum Beispiel unter Nero) und reichsweite (unter Diokletian) Verfolgungen. Dennoch breitete sich diese Bewegung rasch aus. Ab Kaiser Konstantin wurde eine bestimmte, nämlich die trinitarische Richtung innerhalb des Christentums durch den Kaiser unterstützt und im weiteren Verlauf zur Staatsreligion. Juden waren toleriert, Heiden in ihrer Religionsausübung behindert, aber am schärfsten wurden von der "Rechtgläubigkeit" abweichende christliche Richtungen bekämpft, anfangs vor allem die Anhänger des Arius, der meinte, dass Jesus nicht Gott war. Hier trat bereits die Verbindung einer bestimmten christlichen Richtung mit der staatlichen Gewalt auf. Diese Verbindung blieb lange bestehen, in Österreich bis etwa 1920.
Im Jahr 385 wurde der spanische Bischof Priscillian in Trier mit einem Schwert enthauptet. Diese Hinrichtungsart führt rasch zum Tod, anders als das Verbrennen oder gar das Kreuzigen. Das war das erste Mal, dass ein Christ aufgrund einer kirchlichen Verurteilung getötet wurde. Dabei wirkten wohl auch machtpolitische Faktoren mit - vielleicht fühlten sich manche reiche Bischöfe adeliger Herkunft durch Priscillians asketische Forderungen kritisiert.
Der genaue Inhalt der angeblich "ketzerischen" Lehre lässt sich oft nicht mehr ermitteln, da die erhaltenen historischen Quellen sich auf Hörensagen stützten oder durch eine gegnerische Haltung beeinflusst waren. Das gilt auch für die "Häresie" von Orléans. Diese Bewegung betonte die durch Askese geförderte innere geistliche Erfahrung des Einzelnen gegenüber einer durch äußere Handlungen, nämlich kirchliche Sakramente vermittelten Gnade Gottes. Etwa zwölf Gelehrte, Kleriker von Orléans, wurden von König Robert II. von Frankreich, genannt "der Fromme", zum Tod verurteilt. Am 28. Dezember 1022 sperrte man sie in eine Holzhütte ein, die dann mit ihnen verbrannt wurde. Das war, soweit bekannt, die erste Verbrennung lebender Menschen aufgrund kirchlicher Meinungsverschiedenheiten.
Von den Verbrennungen der folgenden Jahrhunderte hier einige Beispiele:
Um 1300 wurden in Südfrankreich viele Katharer verbrannt.
1310 in Paris: die Mystikerin Marguerite Porete.
1314 in Paris: Jacques de Molay, der letzte Großmeister des kurz davor aufgelösten Templerordens.
1397 in Steyr: etwa 100 Waldenser.
1415 in Konstanz: Jan Hus, der Begründer der Hussiten.
1431 in Rouen (Normandie): Jeanne d’Arc.
1528 in Wien (beim Stubentor): Balthasar Hubmaier, einer der Täufer, Verfasser einer Schrift gegen den religiösen Zwang: "Von Ketzern und ihren Verbrennern".
1553 in Genf: Miguel Servet, der von Johannes Calvin bekämpft wurde.
1556 in Oxford: Thomas Cranmer, auf den die Gestaltung der Kirche von England zurückgeht, die König Heinrich VIII. vom Papst in Rom loslöste.
1600 in Rom: der Dominikanermönch Giordano Bruno.
Diese Art der "Ketzerbekämpfung" bildet ein dunkles Kapitel der Kirchengeschichte. Die Gegenwart sieht anders aus, vor allem weil die Kirchen nicht mehr mit weltlicher Macht verbunden sind. Die tatsächlich praktizierte Religionsfreiheit ist eine wertvolle Errungenschaft der sogenannten westlichen Welt. Aber in mehreren anderen Regionen der Welt gibt es weiterhin keine Religionsfreiheit, und insbesondere Christen werden verfolgt.